Nadměrný odpočet DPH. Jak získáte zpět své peníze?

JUDr. Ondřej Preuss, Ph.D.
18. srpna 2025
7 minut čtení
7 minut čtení
Daňové právo

Když vám vyjde vratka DPH očekáváte, že peníze dorazí v rozumném čase. Praxe ale umí překvapit: výzvy, postupy k odstranění pochybností, kontroly, záloha na odpočet, a nakonec třeba i úroky. Přečtěte si, co se přesně děje od podání přiznání až po vrácení peněz – a jak se ozvat, když se celá věc zadrhne.

Co je nadměrný odpočet DPH a kdy vzniká

V běžné řeči jde o situaci, kdy DPH na vstupu převýší DPH na výstupu za dané zdaňovací období. Zákon o DPH používá praktický popis: nadměrný odpočet je daň odpovídající rozdílu mezi daní na výstupu a odpočtem daně, pokud je daň na výstupu nižší než nárok na odpočet. Výsledek? Vzniká nárok na vratku DPH od finančního úřadu. V praxi se s tím setkáte zejména u investic (stroj, auto, stavba) nebo v počátku podnikání.

Pozor na čas pro uplatnění odpočtu. Nárok na odpočet nelze uplatnit po uplynutí druhého kalendářního roku následujícího po roce, kdy nárok vznikl (výjimkou je zhodnocení staveb s delší, desetiletou lhůtou).

Související služba

Nejste si jistí, jak správně postupovat v oblasti daní, abyste nešlápli vedle?

Pomůžeme vám zorientovat nejen v zákoně, ať už jde o řešení konkrétní daňové situace, přípravu na kontrolu ze strany finančního úřadu či obranu před soudem.

Chci se poradit

  • Při objednání služby přesně víte, co dostanete a kolik vás to bude stát.
  • Vše zvládneme on-line nebo osobně v jedné z našich 6 kanceláří.
  • 8 z 10 požadavků vyřešíme do 2 pracovních dnů.
  • Pro každý právní obor máme specialistu.

Kdy a jak stát vrací DPH – základní pravidla

Dnešní úprava už neřeší vrácení nadměrného odpočtu izolovaně v zákoně o DPH, ale obecně přes daňový řád: vratka se chová jako vratitelný přeplatek. V zásadě platí:

Když nadměrný odpočet přejde ve „vratitelný přeplatek“ v důsledku stanovení (vyměření) daňového odpočtu, správce daně vrátí peníze bez žádosti – a to do 15 dnů ode dne oznámení platebního výměru, anebo do 30 dnů ode dne, který se považuje za den doručení platebního výměru, pokud se výsledek vyměření neoznamuje (typicky konkludentní vyměření).

Vracení přeplatků často probíhá automaticky bez žádosti. Nadměrný odpočet DPH mezi tyto automatické případy patří. Přesto doporučujeme zkontrolovat, zda nemáte evidovány jiné daňové nedoplatky, protože přeplatek se nejdřív použije na jejich úhradu a až zbytek je vracen.

Jak peníze přijdou? Finanční úřad standardně vyplácí na registrovaný bankovní účet, výjimečně poštovní poukázkou či hotově (maximálně 1 000 Kč). Proto je důležité mít správně nahlášený účet v registraci.

Často kladené otázky

Můžu si zvolit, že přeplatek nechci vracet a nechám ho na účtu na příště?

Ano. I když se má přeplatek vracet bez žádosti, můžete požádat, aby zůstal na osobním daňovém účtu. Správce daně pak přeplatek nevrací.

Kam Finanční úřad peníze pošle, když nemám nahlášený účet?

Nemít nahlášený účet nelze. Jste-li u správce registrován, máte povinnost určit účet pro vracení a z registrovaných účtů pak musíte vybrat. Na jiný nebo neregistrovaný účet vám peníze nepošlou.

Kdy přeplatek zaniká, když o něj nepožádám?

Nepožádáte-li o vrácení do 6 let od konce roku, kdy přeplatek vznikl, zaniká a propadá rozpočtu příslušného správce daně.

Co může vrácení zdržet: postup k odstranění pochybností a daňová kontrola

Správce daně smí před vrácením peněz prověřovat nárok. K tomu slouží dva odlišné nástroje: postup k odstranění pochybností (POP) a daňová kontrola. POP je nástroj k rychlému, bezprostřednímu ověření konkrétních pochybností o správnosti tvrzení v přiznání. Daňová kontrola je naopak širší a systematičtější.

Může úřad „zadržet jen část? Ano, princip sporné části je akceptovaný: pokud jsou pochybnosti jen k části nároku, zbytek má být vrácen (nebo vyplacen formou zálohy, viz dále).

Záloha na nadměrný odpočet: peníze dřív, než skončí prověřování

Od roku 2021 je v daňovém řádu institut zálohy na daňový odpočet. Máte nárok dostat zálohu na tu část odpočtu, kterou správce daně už nehodlá prověřovat v POP nebo v kontrole. Minimálně však 50 000 Kč – menší zálohu zákon neřeší.

Záloha se předepíše na váš osobní daňový účet a vyplácí se bez žádosti. Při finálním vyměření se záloha vypořádá – buď doplatek, nebo zápočet. V praxi tím státní správa uznává, že prověřování nemá zastavit celý nárok, pokud je sporná jen část.

Užitečné je ve vyjádření k výzvě (nebo v rámci komunikace při kontrole) jasně oddělit nespornou a spornou část odpočtu a explicitně požádat o předepsání zálohy.

Kdy vám náleží úroky, aneb když se vrácení DPH opozdí

V praxi existují dva různé úroky, které se mohou týkat nadměrného odpočtu. Každý řeší jiný problém a nejdou sčítat za stejné období.

Úrok z daňového odpočtu

Tento úrok kompenzuje dlouhé prověřování (POP/kontrola). Vzniká od dne následujícího po uplynutí 4 měsíců od posledního dne lhůty pro podání vašeho přiznání, až do konce zákonné lhůty pro vrácení (tj. do okamžiku vyměření a navazující krátké výplatní lhůty).

Úrok z vratitelného přeplatku

Pokud správce daně nestihne zákonnou výplatní lhůtu, vzniká úrok z vratitelného přeplatku od dne následujícího po uplynutí této lhůty až do vrácení.

Tyto úroky nelze míchat s úrokem z odpočtu za stejné období – ten řeší prověřování před vyměřením, tento až zpoždění výplaty po vyměření.

Co když správce daně vrací jen část nebo nevrací včas

Částečné vrácení je logické tam, kde je sporná jen část. Zbytek má být buď vyplacen jako záloha, anebo (je-li vyměřen) vrácen. Pokud se vracení protáhne přes výplatní lhůtu, žádejte úrok z vratitelného přeplatku; pokud se protahuje samotné prověřování, uplatněte úrok z daňového odpočtu.

Úroky by měl úřad předepsat sám, ale doporučujeme poslat podnět: uveďte zdaňovací období, typ úroku, stručný výpočet období a odkaz na daňový řád. Pomáhá to celou záležitost urychlit.

Jak si hladce poradit s výzvou a zbytečně neprotahovat vrácení DPH

  1. Reagujte rychle a věcně. Konkrétně doložte sporné transakce (smlouvy, dodací listy, přepravní doklady, bankovní výpisy). Žádejte o zálohu na nespornou část.
  2. Pokud se rozsah pochybností rozšiřuje nebo jsou výzvy příliš obecné, upozorněte na judikaturu, že POP není náhražka kontroly. Tím minimalizujete zdržení a otevřete dveře k úroku z odpočtu při delším prověřování.
  3. Nezapomeňte také hlídat, zda vám nevznikl nárok na úroky. Po 4 měsících po lhůtě pro podání sledujte, zda vám nezačal běžet úrok z odpočtu; po vyměření hlídejte 15/30 dní na výplatu, jinak běží úrok z přeplatku.
  4. Nepodceňujte kontrolní hlášení, nesrovnalosti v něm totiž typicky spouští POP. Konzistence údajů mezi přiznáním a KH je proto zásadní, aby se vrácení nezdržovalo.

Často kladené otázky

Lze prodloužit lhůtu z výzvy (POP)?

Ano, správcovskou lhůtu lze na žádost prodloužit. Žádost ale musí být konkrétní. Reagujte proto věcně a po bodech, ať se řízení nezdržuje.

Co přesně doložit u sporných transakcí?

Typicky smlouvy/objednávky, dodací a přepravní doklady, bankovní výpisy, předávací protokoly, komunikaci o dodání – vše ideálně chronologicky.

Kdy má smysl bránit se u soudu

Pokud POP či kontrola nejsou vedeny zákonně (obecné výzvy, nepřiměřená délka, odmítání zálohy na nespornou část), přichází čas na správní a soudní obranu. Judikatura Nejvyššího správního soudu totiž přesně řeší, kdy měl správce daně přejít z POP do kontroly, jak má vypadat řádná výzva, a také výpočet úroku z odpočtu v konkrétních případech.

Tip na článek

S obranou u soudu se raději svěřte do rukou profesionála. Napiště nám – Zjistíme, v čem vězí váš právní problém a navrhneme řešení včetně fixní ceny. Návrh a kalkulaci dostanete do 24 hodin.

Nejčastější omyly, které zdržují vrácení DPH

„Úřad musí vrátit vše, i když pochybuje jen o něčem.“ Ne vždy. U nesporné části žádejte zálohu, sporná část se prověří. Tím ale právě zkrátíte čekání.

„Úroky si musí člověk vyběhat.“ Neměl by. GFŘ metodicky stanoví, že předpis úroků je povinnost správce daně. V praxi se vyplatí slušně upozornit – urychlíte tím řešení.

„Když vrácení trvá, jde vždy o úrok z přeplatku.“ Ne. Před vyměřením jde o úrok z odpočtu (dlouhé prověřování), po vyměření o úrok z přeplatku (pozdní výplata). Sazby a běhy se liší.

Na co nezapomenout v komunikaci s finančním úřadem

V první řadě se ujistěte, že máte u správce daně nahlášený správný bankovní účet, jinak se vrácení zbytečně zdržuje. Zásada automatického vracení se u nadměrného odpočtu uplatní automaticky, výjimkou jsou situace, kdy máte jiné nedoplatky. V tomto případě se přeplatek použije nejprve na jejich úhradu.

Pokud podáváte žádost, nepiste ji obecně. K jednotlivým položkám dejte jasné důkazy.

Nezapomeňte také sledovat 4měsíční hranici pro úrok z odpočtu a 15/30 dnů po vyměření pro úrok z přeplatku.

Shrnutí

Nadměrný odpočet DPH vzniká, když je DPH na vstupu vyšší než na výstupu – typicky u investic nebo na začátku podnikání. Vrácení dnes probíhá podle daňového řádu jako vratitelný přeplatek: po vyměření se vrací bez žádosti – obvykle do 15 dnů od oznámení platebního výměru. Nárok na odpočet lze uplatnit nejpozději do konce druhého roku po vzniku nároku.

Zdržení způsobuje postup k odstranění pochybností (rychlé ověření konkrétních položek) nebo daňová kontrola (širší prověrka). Pokud jsou pochybnosti jen o části, má se zbytek vrátit nebo vyplatit formou zálohy.

Sledujte úroky: za dlouhé prověřování běží úrok z daňového odpočtu od 4 měsíců po lhůtě pro podání až do vyměření, a za pozdní výplatu po vyměření úrok z vratitelného přeplatku; za stejné období se nesčítají. Úřad je má předepsat sám, vyplatí se však slušně požádat a přiložit výpočet.

V komunikaci s úřady reagujte věcně, dodejte konkrétní důkazy, žádejte zálohu na nespornou část a hlídejte konzistenci přiznání a kontrolního hlášení. Při nezákonném postupu je možná správní a soudní obrana.

Často kladené otázky

Co když mám nedoplatky na jiné dani – dostanu vratku DPH?

Přeplatek se přednostně použije na úhradu jiných nedoplatků evidovaných u správců daně; vrací se až zbylá část.

Lze žádat o kopii platebního výměru při „konkludentním“ vyměření?

Ano, správce daně nemusí konkludentní platební výměr oznamovat, ale na žádost zašle stejnopis.

Mění se sazby úroků během období (když ČNB upraví repo)?

Ano – úroky jsou navázány na repo sazbu a pro dané období se přepočítávají podle pravidel v metodikách (změna sazby se uplatní od 1. dne příslušného pololetí). U odpočtu je sazba polovina úroku z prodlení; u přeplatku je rovna úroku z prodlení.  

Sdílejte článek


Neodpověděl vám článek na váš problém? Zeptejte se umělé inteligence

Související služba

Daňové právní poradenství

Nejste si jistí, jak správně postupovat v oblasti daní, abyste nešlápli vedle? Pomůžeme vám zorientovat nejen v zákoně, ať už jde o řešení konkrétní daňové situace, přípravu na kontrolu ze strany finančního úřadu či obranu před soudem.

Chci pomoct

Autor článku

JUDr. Ondřej Preuss, Ph.D.

Ondřej je ten člověk, v jehož hlavě uzrál nápad poskytovat advokátní služby online. Právním službám se věnuje již déle než 10 let a rád klientům pomáhá, když si nevědí rady s právními problémy.

Vzdělání
  • Právo, doktorské studium (Ph.D), Pf UK v Praze
  • Právo, L’université Nancy-II, Nancy
  • Právo, magisterské studium (Mgr.), Pf UK v Praze
  • Mezinárodní teritoriální studia (Bc.), FSV UK v Praze

Mohlo by vás také zajímat

Vyřešíme i váš právní problém

Váš problém můžeme probrat on-line i osobně

Najdete nás v 6 městech

Rychlé kontakty

+420 775 420 436
(Po–Pá: 8—18)
Pravidelně komentujeme právní dění a novinky pro média
Dostupný advokát © 2013-2025
Uveďte původ-Neužívejte dílo komerčně-Zachovejte licenci 3.0 Česká republika (CC BY-NC-SA 3.0 CZ)